Yayasan Pesantren Daarul Istiqlal Medan didirikan pada tahun 2019 M / 1441 H, dari gagasan pendirinya Prof. Dr. Jumino Suhadi, M.A, Ph.D yang merupakan salah satu tokoh pendidikan di Sumatera Utara. Akta notaris nomor terdaftar di Dirjen AHU Kemenkumham RI Tahun 2019 (AHU-0018572.AH.01.04).

Dalil Naqli yang menjadi dasar pendirian Pesantren ini adalah firman Allah SWT dalam surat Ali Imran ayat 104 :

Dan hendaklah ada diantara kamu segolongan umat yang menyeru kepada kebajikan, menyuruh kepada yang ma’ruf, dan mencegah dari yang mungkar, dan merekalah orang-orang yang beruntung. (Q.S 3:104)

Sabda Rasulullah SAW :

Siapa yang menempuh jalan untuk mencari ilmu maka Allah mudahkan baginya jalan menuju surga. (Hadits riwayat Muslim No. 2699)

Dalil Aqli yang melatar belakangi pendirian Pesanten ialah :

Keadaan real bahwa lemahnya aqidah dan pengetahuan ilmu agama islam anak-ank kita karena pelajaran agama di berbagai sekolah masih belum dianggap sebagai mata pelajaran penting terbukti bahwa posri jam pelajaran agama rata-rat hanya 2 jam pelajaran sementara mata pelajaran lain mempunyai porsi yang besar sampai 4 jam bahkan ada yang sampai 8 jam pelajaran.